Cầu Cổ đứng vững 427 năm, cho đến khi nó bị phá hủy vào ngày 9 tháng 11 năm 1993 trong cuộc chiến tranh ở Bosnia và Herzegovina. Sau khi bị phá hủy, một cầu cáp tạm thời được dựng lên cùng chỗ thay thế.

Báo chí có trụ sở tại Sarajevo tường thuật hơn 60 hỏa tiễn rơi trúng chiếc cầu trước khi nó sụp đổ.[6] Sau khi Stari Most bị phá hủy, một phát ngôn viên của người Croatia thừa nhận họ cố tình phá hủy nó, tuyên bố nó có tầm quan trọng chiến lược.[7] Các học giả tuy nhiên lập luận cầu này có ít giá trị chiến lược và việc pháo kích cho nó sụp đi là một ví dụ về sự cố ý hủy hoại tài sản văn hóa. Andras Riedlmayer cho sự tàn phá này là hành động "giết chết ký ức", trong đó bằng chứng của một di sản văn hóa chia sẻ và chung sống hòa bình bị cố tình phá hủy.[6]

Cả hai bên của thành phố vẫn qua lại được nhờ cây cầu cáp xây tạm thời, đến khi cầu được tái thiết bởi các kỹ sư quân đội Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha trong sứ mệnh của Lực lượng bảo vệ Liên Hợp Quốc (UNPROFOR).